Pierwszy kościół w tym miejscu powstał w XIII wieku... Jego fundatorem był prawdopodobnie Bolesław Wstydliwy... Ziszczony przez szwedów, odbudowany i spalony w wielkim pożarze Krakowa w 1850 roku... Odbudowany w 1861 roku w stylu neogotyckim... Prezbiterium i transept zdobi polichromia oraz witraże wykonane wg projektu Stanisława Wyspiańskiego, wśród nich Bóg Ojciec - Stworzenie świata...
W bazylice są trzy kaplice: Matki Boskiej Bolesnej, Błogosławionej Salomei, oraz Męki Pańskiej...